Godine 1765. na položaj niškog rabina dolazi Rahamim Naftali Gedalja, mudar i energičan čovek, koji je mnogo doprineo razvitku verskog duhovnog i kulturnog života male jevrejske zajednice u Nišu. Smatra se da je imao svoju Ješivu gde je vaspitavao generacije pobožnih Jevreja. Službovao je 16 godina, a smatra se da se njegov grob nalazi na današnjem jevrejskom groblju u Nišu.

Prva sinagoga je sazidana 1801 god., za vreme službovanja pomenutog rabina kada je i posvećena.

U doba Turaka, između dva drvena mosta na Nišavi, prostirala se jevrejska mahala. Turske vlasti koje su dale dozvolu za njeno osnivanje nazvali su je Čivutana. Mahala je imala Ješivu-jevrejsku školu, sinagogu, rabinovu kuću, obredno kupatilo, zgradu jevrejskog doma i mnoštvo prizemnih kuća. U velikom požaru koji je izbio 15.augusta 1879 god., cela jevrejska mahala je izgorela.

Krajem XIX veka pominje se velika sinagoga ''El Kal Grande'' i mala sinagoga ''El Kal Čiko'', u nekadašnjoj Davidovoj ulici.Takođe se može naći da je u to vreme u Nišu bilo 11 svitaka Sefer Tore, 9 svitaka Tore u velikom i 2 svitka u malom hramu. Početkom XX veka jedna je Tora proglašena za ''pasul''- neupotrebljivu.

Po završetku Prvog svetskog rata odlučeno je da se sazida nova sinagoga, jer je stara bila sklona padu. U međuvremenu su stari hram malo prepravili i on je još dugo služio svojoj funkciji.

Aprila 1924 god. počelo se sa gradnjom sinagoge, kamen temeljac svečano je položen 18. maja 1924 god., ali je radove poremetila eksplozija zaostale nemačke bombe. Zidana je od novčanih sredstava Jevreja koji su u Nišu živeli, zidana je na placu Jevrejske veroispovedne opštine u Davidovoj ulici br.2. Smatra se da je projektant ove sinagoge bio Arh.Jaša Albala iz Beograda, mada postoji mogućnost da su je projektovale arhitekte iz Beograda, Milan Kapetanović i Viktor Azriel. Sinagoga je bila prostrana, sa otvorenom galerijom za žene.U proleće 1925 god. zgrada je završena, tada se mogla tek porušiti stara sinagoga.

Rabin Avram Daniti, kaže za Jevreje Niša-''Bili su oduvek vrlo pobožni, i prva im je briga bila Hram i vršenje verskih obreda. Mnogo su vremena provodili u Ješivama čitajući pobožne knjige i slušajući pripovedi, koje su održavale i održavale do danas jednu retku pobožnost u opštini''.

Iznad ulaznih vrata sinagoge, pored Magen Davida koji je tu stajao, pisalo je
 ''OVO SU BOŽIJA VRATA PRAVEDNI NEKA UĐU''.

Do početka Drugog svetskog rata, sinagoga je služila svojoj funkciji. Za vreme rata nemci su je koristili kao magacinski prostor, a posle rata ona nije bila u funkciji. Niko se od Jevreja koji su tu živeli nije vratio u svoje domove. Majo Mevorah je do 1948 god., zgradu sinagoge čistio i održavao, a posle njegovog odlaska za Izrael 1948 god., zgrada je zatvorena.

Godine 1970. Jevrejska opština je bila uslovljena, da zgradu sinagoge proda ili će joj se zbog neupotrebe zgrada oduzeti. Te godine zgrada sinagoge prodaje se Narodnom muzeju u Nišu, pod određenim uslovima. Narodni muzej se obavezao da će zgradu sinagoge čuvati, koristiti isključivo u kulturne svrhe i da će postaviti spomen tablu sećanja na Jevreje koji su tu živeli, a nikada se posle II svetskog rata nisu vratili u svoje domove.

Zbog arhitektonskih i istorijskih vrednosti, zgrada sinagoge je stavljena pod zaštitu države 1986 god.

Radovi su završeni spolja, maja 2003g., dok se za radove u njenoj unutrasnjost traže novčana sredstva.

Trenutno onako ''ranjena'', čeka neke bolje dane.

DANASNJI IZGLED UNUTRASNJOSTI SINAGOGE U NISU

IZGLED SINAGOGE 
APRIL 2003

PORTAL NISKE SINAGOGE
-OVO SU BOZIJA VRATA PRAVEDNI NEKA UDJU

SINAGOGA 2003

SINAGOGA 2 MART 2000